Nato il 30 giugno 1838 a Mota presso Ljutomer (Stiria slovena), compì gli studi prima a Graz e quindi al «Germanicum» di Roma, dove venne consacrato sacerdote il 30 maggio 1863.
Dopo incarichi di fiducia quale segretario vescovile e canonico di Seckau, divenne vescovo di Lubiana nel 1884. Per le sue ammirate qualità personali e per la lungimiranza e la pastoralità della sua guida in quella diocesi in un periodo acutamente critico sia a livello ecclesiastico che socio-politico, fu detto «una delle più splendide gemme dell’episcopato austriaco».
Promosso ad arcivescovo di Gorizia, prese possesso della sede il 22 maggio 1898. Particolarmente stimato negli ambienti romani e viennesi, nel Concistoro del 19 giugno 1899 Leone XIII lo designava Cardinale di S. R. Chiesa.
Seppe toccare con l’autorità del suo prestigio ogni settore della vita diocesana; sulla linea promossa già nei confronti del movimento cattolico in Slovenia, intervenne nella complessa presenza socio-politica dei cattolici goriziani secondo esigenze attente all’unità ed aliene dalle spinte nazionalistiche e personalistiche in atto.
Raccolse unanime stima anche per le sue scelte operative, di cui ricordiamo l’acquisto della villa Boeckmann e del vasto fondo annesso per la costruzione del Seminario minore, l’edificazione della nuova ala-est del palazzo arcivescovile comprendente la bella cappella neo-romanica.
Purtroppo in questo fecondo avvio di episcopato, un infarto stroncava il cardinal Missia a soli sessantaquattro anni, il 24 marzo 1902.
